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Marmalade boy, racconta la storia di Miki e Yuu circondata da tante altre vicende... Miki è una ragazzina come tutte le altre che frequenta il liceo, ha una vita normalissima fino a che, i genitori non decidono di risposarsi con altre due persone, e voi direte, beh che c'è di strano? E questo è l'inizio della nostra storia... i due genitori di sposeranno con un'altra coppia! Questa coppia ha un figlio Yuu della stessa età di Miki e tra loro nasce quasi subito un certo feeling.. Ma, i due non si sarebbero mai aspettati che i genitori decidessero di andare a vivere tutti nella stessa casa!

Questa notizia all'inizio sconvolge Miki ma dopo un po' la ragazzina si adatta ed accetta la situazione. I due ragazzi cominciano a frequentare la stessa scuola dove li si svolgerà la maggior parte delle loro giornate. A questo punto cominciano ad entrare in scena dei nuovi personaggi... Ginta, un amico di Miki, innamorato di lei da moltissimo tempo, ma che alla prima occasione se l'è fatta sfuggire ed ora è geloso di Yuu perchè si è accorto del suo comportamento verso Miki.

Meiko una ragazza intelliggente, la migliore amica di Miki, che si innamora di un professore della scuola Namura, e tutt'intorno a loro girerà una grossa faccenda che per fortuna si risolvera bene. Arimi, l'ex ragazza di Yuu che torna alla riscossa per riprenderselo ma che nel frattempo si innamora di Ginta che poi la contraccambierà.

Ma la parte principale è basata sui due protagonisti Miki e Yuu che dopo un po' riescono finalmente a stare insieme e a vivere a pieno le loro giornate con il proprio amore anche se vari impegni e problemi cercheranno di separarli, ma loro riescono con la forza del loro amore a rimanere uniti e a trovare il coraggio per confessare ai loro genitori l'amore che provano l'uno per l'altra....

Nell'anime la storia è un po' diversa poichè entreranno in scena altri personaggi e ci sarà un trasferimento di Yuu a New York per lo studio.. Inoltre nell'anime ci sono delle censure enormi che non avevano motivo di esserci...